時明帝初崩，委政宰輔，護軍庾亮欲征之。峻聞將征，遣司馬何仍詣亮曰：「討賊外任，遠近從命，至于內輔，實非所堪。」不從，遂下優詔征峻為大司農，加散騎常侍，位特進，以弟逸代領部曲。峻素疑帝欲害己，表曰：「昔明皇帝親執臣手，使臣北討胡寇。今中原未靖，無用家為，乞補青州界一荒郡，以展鷹犬之用。」復不許。峻嚴裝將赴召，而猶豫未決，參軍任讓謂峻曰：「將軍求處荒郡而不見許，事勢如此，恐無生路，不如勒兵自守。」峻從之，遂不應命。朝廷遣使諷諭之，峻曰：「台下雲我欲反，豈得活邪！我寧山頭望廷尉，不能廷尉望山頭。往者國危累卵，非我不濟，狡兔既死，獵犬理自應烹，但當死報造謀者耳。」於是遣參軍徐會結祖約，謀為亂，而以討亮為名。約遣祖渙、許柳率眾助峻，峻遣將韓晃、張健等襲姑孰，進逼慈湖，殺于湖令陶馥及振威將軍司馬流。峻自率渙、柳眾萬人，乘風濟自橫江，次於陵口，與王師戰，頻捷，遂據蔣陵覆舟山，率眾因風放火，台省及諸營寺署一時蕩盡。遂陷宮城，縱兵大掠，侵逼六宮，窮凶極暴，殘酷無道。驅役百官，光祿勛王彬等皆被捶撻，逼令擔負登蔣山。裸剝士女，皆以壞席苫草自鄣，無草者坐地以土自覆，哀號之聲震動內外。時官有布二十萬匹，金銀五千斤，錢億萬，絹數萬匹，他物稱是，峻盡費之。矯詔大赦，惟庾亮兄弟不在原例。自為驃騎領軍將軍、錄尚書事，許柳丹陽尹，加前將軍馬雄左衛將軍，祖渙驍騎將軍，復弋陽王羕為西陽王、太宰、錄尚書事，羕息播亦複本官。於是改易官司，置其親黨，朝廷政事一皆由之。又遣韓晃入義興，張健、管商、弘徽等入晉陵。
時溫嶠、陶侃已唱義于武昌，峻聞兵起，用參軍賈寧計，還據石頭，更分兵距諸義軍，所過無不殘滅。嶠等將至，峻遂遷天子于石頭，逼迫居人，盡聚之後苑，使懷德令匡術守苑城。嶠等既到，乃築壘于白石，峻率眾攻之，幾至陷沒。東西抄掠，多所擒虜，兵威日盛，戰無不克，由是義眾沮衄，人懷異計。朝士之奔義軍者，皆云：「峻狡黠有智力，其徒黨驍勇，所向無敵。惟當以天討有罪，誅滅不久；若以人事言之，未易除也。」溫嶠怒曰：「諸君怯懦，乃是譽賊。」及後累戰不捷，嶠亦深憚之。管商等進攻吳郡，焚吳縣、海監、嘉興，敗諸義軍。韓晃又攻宣城，害太守桓彞。商等又焚餘杭，而大敗於武康，退還義興。嶠與趙胤率步兵萬人，從白石南上，欲以臨之。峻與匡孝將八千人逆戰，峻遣子碩與孝以數十騎先薄趙胤，敗之。峻望見胤走，曰：「孝能破賊，我更不如乎！」因舍其眾，與數騎北下突陣，不得入，將回趨白木陂，牙門彭世、李千等投之以矛，墜馬，斬首臠割之，焚其骨，三軍皆稱萬歲。峻司馬任讓等共立峻弟逸為主。求峻屍不獲，碩乃發庾亮父母墓，剖棺焚屍。逸閉城自守。韓晃聞峻死，引兵赴石頭。管商及弘徽進攻庱亭壘，督護李閎及輕車長史滕含擊破之，斬首千級。商率眾走延陵，李閎與庱亭諸軍追之，斬獲數千級。商詣庾亮降，匡術舉苑城降。韓晃與蘇逸等併力攻術，不能陷。溫嶠等選精鋭將攻賊營，碩率驍勇數百渡淮而戰，于陣斬碩。晃等震懼，以其眾奔張健于曲阿，門厄不得出，更相蹈藉，死者萬數。逸為李湯所執，斬于車騎府。
管商之降也，餘眾並歸張健。健又疑弘徽等不與己同，盡殺之，更以舟軍自延陵向長塘，小大二萬餘口，金銀寶物不可勝數。揚烈將軍王允之與吳興諸軍擊健，大破之，獲男女萬餘口。健復與馬雄、韓晃等輕軍俱走，閎率鋭兵追之，及于岩山，攻之甚急。健等不敢下山，惟晃獨出，帶兩步靫箭，卻據胡床，彎弓射之，傷殺甚眾。箭盡，乃斬之。健等遂降，並梟其首。
孫恩，字靈秀，琅邪人，孫秀之族也。世奉五斗米道。恩叔父泰，字敬遠，師事錢唐杜子恭。而子恭有秘術，嘗就人借瓜刀，其主求之，子恭曰：「當即相還耳。」既而刀主行至嘉興，有魚躍入船中，破魚得瓜刀。其為神效往往如此。子恭死，泰傳其術。然浮狡有小才，誑誘百姓，愚者敬之如神，皆竭財產，進子女，以祈福慶。王珣言于會稽王道子，流之於廣州。廣州刺史王懷之以泰行鬱林太守，南越亦歸之。太子少傅王雅先與泰善，言于孝武帝，以泰知養性之方，因召還。道子以為徐州主簿，猶以道術眩惑士庶。稍遷輔國將軍、新安太守。王恭之役，泰私合義兵，得數千人，為國討恭。黃門郎孔道、鄱陽太守桓放之、驃騎諮議周勰等皆敬事之，會稽世子元顯亦數詣泰求其秘術。泰見天下兵起，以為晉祚將終，乃搧動百姓，私集徒眾，三吳士庶多從之。于時朝士皆懼泰為亂，以其與元顯交厚，咸莫敢言。會稽內史謝輶發其謀，道子誅之。恩逃于海。眾聞泰死，惑之，皆謂蟬蛻登仙，故就海中資給。恩聚合亡命得百餘人，志欲復仇。
時溫嶠、陶侃已唱義于武昌，峻聞兵起，用參軍賈寧計，還據石頭，更分兵距諸義軍，所過無不殘滅。嶠等將至，峻遂遷天子于石頭，逼迫居人，盡聚之後苑，使懷德令匡術守苑城。嶠等既到，乃築壘于白石，峻率眾攻之，幾至陷沒。東西抄掠，多所擒虜，兵威日盛，戰無不克，由是義眾沮衄，人懷異計。朝士之奔義軍者，皆云：「峻狡黠有智力，其徒黨驍勇，所向無敵。惟當以天討有罪，誅滅不久；若以人事言之，未易除也。」溫嶠怒曰：「諸君怯懦，乃是譽賊。」及後累戰不捷，嶠亦深憚之。管商等進攻吳郡，焚吳縣、海監、嘉興，敗諸義軍。韓晃又攻宣城，害太守桓彞。商等又焚餘杭，而大敗於武康，退還義興。嶠與趙胤率步兵萬人，從白石南上，欲以臨之。峻與匡孝將八千人逆戰，峻遣子碩與孝以數十騎先薄趙胤，敗之。峻望見胤走，曰：「孝能破賊，我更不如乎！」因舍其眾，與數騎北下突陣，不得入，將回趨白木陂，牙門彭世、李千等投之以矛，墜馬，斬首臠割之，焚其骨，三軍皆稱萬歲。峻司馬任讓等共立峻弟逸為主。求峻屍不獲，碩乃發庾亮父母墓，剖棺焚屍。逸閉城自守。韓晃聞峻死，引兵赴石頭。管商及弘徽進攻庱亭壘，督護李閎及輕車長史滕含擊破之，斬首千級。商率眾走延陵，李閎與庱亭諸軍追之，斬獲數千級。商詣庾亮降，匡術舉苑城降。韓晃與蘇逸等併力攻術，不能陷。溫嶠等選精鋭將攻賊營，碩率驍勇數百渡淮而戰，于陣斬碩。晃等震懼，以其眾奔張健于曲阿，門厄不得出，更相蹈藉，死者萬數。逸為李湯所執，斬于車騎府。
孫恩，字靈秀，琅邪人，孫秀之族也。世奉五斗米道。恩叔父泰，字敬遠，師事錢唐杜子恭。而子恭有秘術，嘗就人借瓜刀，其主求之，子恭曰：「當即相還耳。」既而刀主行至嘉興，有魚躍入船中，破魚得瓜刀。其為神效往往如此。子恭死，泰傳其術。然浮狡有小才，誑誘百姓，愚者敬之如神，皆竭財產，進子女，以祈福慶。王珣言于會稽王道子，流之於廣州。廣州刺史王懷之以泰行鬱林太守，南越亦歸之。太子少傅王雅先與泰善，言于孝武帝，以泰知養性之方，因召還。道子以為徐州主簿，猶以道術眩惑士庶。稍遷輔國將軍、新安太守。王恭之役，泰私合義兵，得數千人，為國討恭。黃門郎孔道、鄱陽太守桓放之、驃騎諮議周勰等皆敬事之，會稽世子元顯亦數詣泰求其秘術。泰見天下兵起，以為晉祚將終，乃搧動百姓，私集徒眾，三吳士庶多從之。于時朝士皆懼泰為亂，以其與元顯交厚，咸莫敢言。會稽內史謝輶發其謀，道子誅之。恩逃于海。眾聞泰死，惑之，皆謂蟬蛻登仙，故就海中資給。恩聚合亡命得百餘人，志欲復仇。
